新疆维吾尔自治区人民政府台湾事务办公室贯彻执行中共中央、国务院关于对台工作的方针、政策和区委、区政府有关工作部署；检查了解各部门和各地区贯彻执行情况；负责指导全疆各地区、各部门的涉台事务；办理国务院台湾事务办公室和自治区人民政府交办的各项工作。